昭和40年10月、県下の生産牛乳の共同販売体制を確立し、積極的な酪農事業の推進を図るため、愛媛県信用農業協同組合連合会、愛媛県経済農業協同組合連合会、愛媛県共済農業協同組合連合会と、9つの酪農関係組合により、愛媛県酪農業協同組合連合会を発足、設立させた。

その後、昭和41年4月、酪農振興関係法の改正にともなう加工原料乳生産者補給金等暫定措置法の制定に基づき、指定生乳生産者団体として県酪連がその指定を受け、昭和42年4月に生産者団体の機能強化を図るため、各単位組合が実施していた生産指導、処理加工及び製品の販売事業を県酪連に事業統合し、名実ともに県下の酪農、乳業事業を一体化し、生産者団体による生産・集乳・処理・加工・販売の一貫体制を確立した。

その後、酪農情勢の変化に対応するため、平成8年10月、組織の再編を実施。乳業事業部門を四国乳業株式会社に移管し、食肉事業は平成12年10月に閉鎖し、スリム化を進めた。

また、全国を8ブロックとする指定生乳生産者団体の広域化計画を受け、平成13年4月、指定生乳生産者団体業務が四国ブロックの組織である四国生乳販連へ指定替えとなった。これらにより、生乳生産の低コスト化と品質向上に専念することが可能となり、酪農の長期安定化に向けての組織が確立した。