昭和41年9月、農林省畜産局通達「乳価交渉の促進および指定生産者団体の強化について」と同一趣旨にもとづき整備した愛媛県指定生乳生産者団体を中心に、四国地方における生乳の流通調整と、生産者自らが運営する工場を育成強化し、さらに生産者の立場を向上する意図により、国および愛媛県、四国3県の指定生乳生産者団体などの理解と支援で、昭和43年3月、3億8千3百万円で、四国乳業株式会社が設立された。

その後、同社設立の趣旨にそって、四国地方の農協プラントの基軸として一体化を図って、昭和46年7月に高知四国乳業株式会社と合併、同47年2月には香川乳業協同株式会社と合併、四国地方における農協プラントとしての体制を整えた。平成7年2月、3工場を集約し画期的な本社工場が完成した。

平成8年10月、組織再編により愛媛県酪農業協同組合連合会から牛乳、乳製品の製造、販売部門の移管を受け乳業事業機能を四国乳業株式会社に一本化した。これにより、組織の合理化が進み農産物の輸入自由化等の環境変化に対して、機動的対応が可能となった。平成15年、四国乳業（株）は、これまで工場のみであったISO9000シリーズの認証取得を全社に拡大適用し、品質マネジメントシステムを導入。人々に安心・安全な食品を提供し続けてまいります。